Para seleccionar las áreas prioritarias, MAR Fund facilitó un proceso que incluyó la participación de diferentes actores de los cuatro países. La metodología que se diseñó para este propósito fue inicialmente aplicado a través de cuatro talleres para obtener prioridades nacionales. Estos resultados después fueron analizados en un taller regional, en cual se definieron las primeras prioridades de la región. La red inicial de 14 áreas está incluida en el mapa.

El Proyecto Conservación de Recursos Marinos en Centroamérica se orientó a poner en práctica mecanismos de conservación efectivos a largo plazo en nueve áreas. Se apoyaron los procesos de planificación, monitoreo, actualización de planes de manejo, sistemas de control y vigilancia, infraestructura y equipamiento, entre otros, para optimizar el trabajo de la administración de las áreas.

También se apoyaron, de manera consensuada con los diferentes usuarios de las APMC, una serie de actividades definidas por cada área protegida, con el objeto de hacer uso sostenible de los recursos, bienes y servicios de las áreas. Estas incluyeron como ejemplo las siguientes: códigos de conducta para distintas actividades extractivas, programas de incentivos para involucrar a las comunidades en acciones de conservación, co-manejo de zonas de conservación con los usuarios, estrategias para reciclado de desechos sólidos, campañas de reforestación de manglar y educación ambiental, buenas prácticas de pesca y turismo responsable.

La lógica de intervención del Proyecto tuvo como enfoque general mejorar la conservación y uso sostenible de la diversidad biológica presente en las nueve APMC seleccionadas.